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2008年同样也发生了另外一件重要的事情，这一年正是赤木直子完成MAGI系统的基础理论设定的时刻。
赤木直子的女儿赤木律子已经毕业，被调查组织Gehirn选为内定人员，现在也是E计划的成员之一。
……
赤木直子在完成了手头上的工作后，对着自己女儿律子感叹道“终于是完成了这台MAGI系统的设定，这可是一个划时代的产物。”
“它可不是普通超级电脑能比的了的，这里是具有人格移植的第7世代的有机三位一体超级生物电脑，一种将人类的逻辑思考模式移植到电脑上的系统。”赤木直子一脸兴奋的点出一些数据讲解着。
赤木直子指着屏幕上的主盘继续和律子说着，“MAGI系统是由三个主系统部分来投票决定的，分别是【MELCHIOR（MAGIsystem-1)】，【BALTHASAR（MAGIsystem-2)】，【CASPER（MAGIsystem-3)】。”
“为了确保决策的准确率，这三个系统分别移植了我的三个人格：科学家，女人，母亲来共同商讨问题。”
“这样不同的人格在决定事情的时候也会有不同的思考角度，最大程度保证决策的可行性。”
“然后最终的决策会出自于这三大系统的商议，一般问题少数服从多数。”
“特殊问题的时候尤其是遇到逻辑不通的时候，任何一个系统都可以采用一票否决制。”赤木直子感叹的说完。
面对女儿律子，赤木直子把所有的内容都详细的介绍清楚了。赤木律子也在认真的吸收所有相关知识。
研究室内，听闻系统设定好的老碇赶到。在赤木直子的解释下，老碇对于这套系统非常满意。
十分高兴的嘴角带着微笑对赤木直子说道“你也是幸苦了，不过接下来还是任务艰巨，期待你组装好这台中枢电脑。”
赤木直子第一次听到老碇这样对她说话，心花怒放的连连应道。
旁边的赤木律子在第一次看到这个男人，那略带微笑的面容和成熟的气质，仿佛心中被触动了什么。
意识到自己失态后，赤木律子脸上微微泛红起来。不过还好室内光线不是很明亮，至少别人看起来不是很明显。
老碇在和赤木直子交谈完后，发现了身边的这个女孩。他直接问道“这是？”
赤木直子这才反应过来还没互相介绍，用自己手掌对着律子后回答道“这是我的女儿赤木律子。”
“律子，这是研究所的所长碇源堂。”
赤木律子听到后恭敬的举了个躬，“很高兴见到你，碇所长。”
老碇扶了扶眼镜，微笑着道“你要跟着你母亲多学习，以后说不准还得要拜托你的时候。”
赤木律子听到这句话后脸上更红了，为了不更失态便连忙回应道“不敢不敢，我现在还需要学习的地方还很多，请多多指教。”
老碇笑了笑没有再说话了，对着母女两人挥挥手，一言不发的走了。
赤木直子有些心情复杂的看着律子，因为从来没见过自己冷淡的女儿有这样的情况。
不过赤木直子也没说什么，以为律子第一次见到所长有些不知所措。伸手拿起桌上的几份文件便带着律子继续去看不同的研究去了。
次年2009年，赤木律子的好友葛城美里也同样加入了调查组织Gehirn，不过她在德国第三支部工作。
然后在2010年，中枢电脑MAGI全部完成组装。这台MAGI系统用处十分广泛，可以管理第三新东京市政务、庞大的监视系统、处理实验资料等。
除了在日本NERV总部的“原始”MAGI外，世界各地的其他五个NERV支部都有复制MAGI系统而成的平级子系统。
在地下二层的平台上，赤木直子正十分高兴的和律子说着什么，眼角乍然瞟见了什么，就转头发现碇源堂带着一个蓝色头发红色瞳孔小女孩走过来了。