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千钧也明白了，“原来如此，所以竹下这个公事包上有中岛的指纹，因为本来就是中岛的东西。99号码牌上同时有中岛跟竹下的指纹，也就证明了竹下调换了中岛的指纹。如此说来，98号码牌上也应该也有二人的指纹了！”目暮警官马上命令调查，很快证实了98号码牌上的确有中岛跟竹下的指纹。
“插队的事情，也是竹下临时想出来的，因为三个人的号码相连又都是90几号的话，不容易引起存物小姐跟同事的怀疑，所以在最后，存物小姐只注意到了中岛先生的号码牌不对，没有注意到竹下先生的号码牌也发生了变化。”上田跟中岛全看着竹下，“竹下，你太过分了，居然利用我们！”
竹下不服气，“毛利侦探，你这么说有证据吗？”“当然有，目暮警官，爆炸现场发现的钥匙上有中岛先生的指纹，那把钥匙应该可以打开竹下手里的公事包，而竹下手中的钥匙却绝对打不开这个公事包，因为他自己的公事包早就被炸毁了。中岛先生刚才也证实了竹下现在的这个公事包是他的。”
目暮警官马上进行了检验，很快就证实了这一点。千钧明白了，“如此说来，关西大汉是枉死的了，竹下是想炸死中岛的，结果阴错阳差误杀了关西大汉。”毛利侦探肯定，“没错，本来按照竹下的计划，中岛应该在回到自己家后才会打开公事包的，等中岛被炸死后，也没有人会怀疑到竹下的身上，他还可以利用这段时间把一些证据销毁，比如拿在自己手里原本是中岛的公事包。”
目暮警官走过来，“竹下先生，现在人证物证都有了，你还有什么话说吗？对了，你为什么想要杀害中岛先生呢？”竹下叹气，“毛利侦探，我认输了。炸弹的确是我装的，恐吓信也是我伪造的，我本来想杀死中岛，伪造成恐怖分子所为，没想到事情会变成这个样子……我没想要杀害那个无辜的关西人，就像你说的，事情出乎我的意料……”
中岛大怒，“竹下，我平时对你也不错，你为什么想要用这么残忍的办法杀死我？”竹下突然发疯一样冲上来，揪住中岛挥舞拳头猛揍，“就是你中岛！混蛋家伙，死的应该是你才对！是你害死了良美！”中岛发出惨叫，警官甲乙急忙冲上来将竹下拉开。上田说良美是他们大学拳击社的美女经理。原来，和竹下裕信交往多年的良美被中岛英明插足抢走，后来，中岛玩腻良美了后，将良美甩掉，良美悲愤羞愧之下自杀身亡。
目暮警官下令将二人一起带走，毛利侦探拦住，“幸运逃过一劫的中岛先生，我们言归正传吧！跟你进行交易的黑衣男子到底是谁？我觉得你从实招来的好，因为交易失败他们组织的人也死了，就算你进了监狱，还是会找你报复的！我想这一点你应该清楚！你应该实话实说请警方保护你的安全才对！”
中岛变得非常害怕，“我真的什么也不知道！我刚才没有对这个怪侦探撒谎！对了，我们每次暗中交换消息的地点是大黑大厦的cocktail（鸡尾酒）酒吧。”千钧和柯南都大喜，总算有个准确的消息了，二人立即匆匆离去。目暮警官感觉事情有些严重了，“毛利老弟，你醒醒，你刚才说什么组织？”小五郎睁开眼，“怎么了，目暮警官，恐怖分子找到了吗？”目暮警官汗，“喂喂，你搞什么，案件你不是刚才解决了吗？”
说话之际，警官丙过来报告，秘密调查局的山本一夫带人赶过来了。目暮警官站起来，“可恶，这个山本的狗鼻子还真灵啊，我这里刚刚处理完，他就知道了……”山本一夫临时有别的事情，所以来的晚了，不然一开始他就带人过来了。山本一夫赶到后，仔细问明了情况，还让人立即做了死者的素描。山本一夫根据内线消息很快就知道，这个高大黑衣人是黑暗组织的人，代号暂时不明。
山本一夫转身对目暮警官道，“目暮警部，炸弹的事情我不管，这个中岛英明我要立即带走，关于中岛的所有事情尽量保密。”目暮大惊，“等一下，山本！中岛涉及非法交易……”山本一夫冷哼一声，“我当然知道，我就是为这件事情来的，这件事情牵涉到一个非常庞大的地下组织，我想，你应该明白了吧！好了，警部，这件案子的卷宗记得事后给我留一份，下次再见，希望我们合作愉快！”看着秘密调查局的人迅速撤离，目暮警官松了口气，“混蛋，谁希望跟你再见，鬼才跟你合作愉快！”
千钧跟柯南驱车赶往大黑大厦，一路疾驰闯了几个红灯。二人心急火燎地乘电梯而上，刚走入对应的楼层，就发生了大爆炸。无数人被炸死炸飞，好多电梯都被摧毁，千钧和柯南大惊失色，“不好，又来晚了！”一个好心男子不住咳嗽，“你们别过去啊，爆炸是在鸡尾酒吧发生的，那里很危险……”
柯南恼怒，非要过去不可，千钧急忙抱着他混入混乱的人群中。柯南疑惑，千钧指了指下面从楼梯上来的人员，“秘密调查局的人！你不会想让他们发现你的真实身份吧？”秘密调查局的人也从中岛那里知道了这个黑暗组织的据点，就马上赶过来。同样，琴酒和伏特加发现龙舌兰出事，知道这里已经暴露，马上命令情报人员撤离，并将这里彻底炸毁。警方和救护人员、消防队在半个小时后才赶到这里，所有的一切都如同弥漫天际的黑烟一样，整个事件就此尘封于漫天的黑雾中。
对于柯南跟千钧来说，这个事情就到这里了，他们已经无法在追查下去了。秘密调查局将大黑大厦爆炸事件接手过去，一筹莫展的警视厅也松了口气。山本一夫的人马根据掌握的线索，很快追踪到了黑暗组织外围的情报人员，双方发生一系列激战，黑衣组织损失不小，琴酒、伏特加带着剩下的人员转入潜伏状态，东京似乎又恢复了平静。山本一夫虽然没有抓到大鱼，却知道了死鱼的代号是龙舌兰。
尾声，竹下裕信谋杀中岛英明未遂，误杀不知名关西人，炸伤了不少无辜，但他并不是恐怖分子，因此法庭只判处竹下20年徒刑。中岛英明非法交易顶级程序员名单事件，由秘密调查局接手调查，所有的相关消息都被封锁，中岛也被关到秘密调查局的审讯室，不知道何日才能重见天日。毛利小五郎因破获电玩公司爆炸案，警视厅给以B级奖励，目暮警官也因这件爆炸案的功劳官复原职。报纸上都报道的是毛利侦探精彩推理炸弹案件的过程，千钧因为推理失误，报纸上自动将其忽略不计。千钧为此郁闷了好几天，“真是的，我的推理至少对了一半吧！”柯南大笑，“可你找出的根本不是真相，糊涂的华森！”