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目录说明（同样搬自度娘！）
1．带◆表示尚未改编成动画。
2．每组目录前的“小标题”表示该事件的名称。已动画化的漫画篇目使用对应动画标题（括号中标注对应动画集数），已收入单行本但未改编成动画的篇目使用“Websunday名侦探柯南全事件报告编辑室”网站上使用的事件名称，未收入单行本的篇目不标注事件名称。
3．仅收录漫画原作的漫画目录，漫画特别篇目录请见名侦探柯南特别篇词条。
分集剧情
云霄飞车杀人事件（TV1）
（总File.1）平成的福尔摩斯
董事长千金绑架事件（TV2）
（总File.2）变成小孩子的名侦探
（总File.3）失去声援的大侦探
（总File.4）第六根烟囱
（总File.5）另一个歹徒
偶像密室杀人事件（TV3）
（总File.6）迷糊侦探变成名侦探
（总File.7）沾血的青春偶像
（总File.8）和你相像的人
（总File.9）不幸的误会
赤鬼村火祭杀人事件（TV38）
（总File.10）好赚的跟踪
（总File.11）完美的不在场证明
（总File.12）照片说话了
奇怪的寻亲杀人事件（TV13）*黑衣组织10亿元抢劫事件（TV128）
（总File.13）行踪不明的男子
（总File.14）可怜的少女
（总File.15）追踪高大的男子
（总File.16）恶魔般的主使者
鬼屋杀人事件（TV20）
（总File.17）恐怖的鬼屋
（总File.18）消失的孩子们
（总File.19）地下室的噩梦
豪华客轮连续杀人事件（TV22~23）
（总File.20）籏本家一族
（总File.21）密室的秘密
（总File.22）遗产的去向
（总File.23）一族灭门
（总File.24）黑暗中的杀手
（总File.25）无法实现的梦
每月一件礼物恐吓事件（TV7）
（总File.26）来路不明的赠礼
（总File.27）同一人物
（总File.28）8月3日之谜
（总File.29）千钧一发
美术馆杀人事件（TV8）
（总File.30）盔甲骑士
（总File.31）遗书之谜
（总File.32）原子笔之谜
新干线大爆破事件（TV5）
（总File.33）风声跃起的二人组
（总File.34）特色车厢上的四个人
（总File.35）倒数10秒的恐怖
大都会暗号地图事件（TV4）
（总File.36）意外的藏宝图
（总File.37）译解暗号的ABC
（总File.38）解答与另一个解答
（总File.39）发光的鱼之谜
山庄绷带怪人杀人事件（TV34~35）
（总File.40）裹着绷带的怪男子
（总File.41）第一个受害者
（总File.42）面临危机的小兰
（总File.43）暗夜的袭击
（总File.44）杀人魔的真面目
卡拉OK厅杀人事件（TV42）
（总File.45）卡拉OK杀人事件
（总File.46）是他杀还是自杀
（总File.47）隐藏在歌曲内的谜团
（总File.48）擦肩而过的两人
江户川柯南诱拐事件（TV43）
（总File.49）陌生的访客
（总File.50）逃脱、寻线、追踪三部曲
（总File.51）面具下的真相
古董收藏家杀人事件（TV16）
（总File.52）三名拜访者
（总File.53）三人的不在场证明
（总File.54）电话答录机之谜
（总File.55）柜子的秘密
消失的尸体杀人事件（TV15）
（总File.56）少年侦探团成军
（总File.57）谜样的两兄弟
（总File.58）尸体消失之谜
天下第一夜祭杀人事件（TV9）
（总File.59）祭典之夜
（总File.60）无懈可击的不在场证明
（总File.61）照片内的陷阱
钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件（TV11）
（总File.62）月影岛的邀请函
（总File.63）钢琴的诅咒
（总File.64）秘密乐谱
（总File.65）烈火中的秘密
（总File.66）染血的案件
（总File.67）名字的秘密
足球选手恐吓事件（TV10）
（总File.68）新一的恋人
（总File.69）名侦探小兰
（总File.70）性命攸关
（总File.71）水落石出
暗夜男爵杀人事件（TV68~70）
（总File.72）暗夜男爵
（总File.73）可怕的病毒
（总File.74）面具之下
（总File.75）兰的眼泪
（总File.76）风的恶作剧！？
（总File.77）落下地点的秘密
六月新娘杀人事件（TV18）
（总File.78）新婚的悲剧
（总File.79）禁果般的柠檬茶！？
（总File.80）杀人的理由
步美被绑架事件（TV12）
（总File.81）危险的捉迷藏
（总File.82）追逐声音
（总File.83）怎么会这样！？
小五郎同学会杀人事件（TV27~28）（总File.84）小五郎的社团同学会
（总File.85）意外的启发
（总File.86）弁庆的金刚立姿
企业家千金杀人事件（TV39~40）
（总File.87）选婿宴会
（总File.88）悄悄逼近的黑影
（总File.89）第2具尸体
（总File.90）借水杀人
（总File.91）用水混淆时间的诡计
外交官杀人事件（TV48~49）
（总File.92）西方的名侦探
（总File.93）棋逢敌手
（总File.94）东方的名侦探
（总File.95）东方的名侦探现身
图书馆杀人事件（TV50）
（总File.96）浑身发热
（总File.97）潜伏身后的杀人魔
（总File.98）另一位乘客
雪山山庄杀人事件（TV46）
（总File.99）暴风雪里的惨案
（总File.100）最后的遗言
（总File.101）会说话的桌布