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仙剑奇侠传四的故事要从两把剑说起。
望舒羲和，一为月神一为日神，乃琼华派执剑长老宗炼为了定住幻瞑界吸取灵力所铸。
琼华派妄图举派飞升，却是动了牺牲幻瞑界的心思，此举自然遭到幻瞑界妖族的反扑。双方大战爆发，琼华掌门陨落，幻瞑界主婵幽重伤。而就在这关键时刻，琼华弟子云天青与夙玉携带望舒剑私自出逃，导致幻瞑界脱离束缚，大战结束。琼华派功亏一篑，伤亡惨重，羲和剑主玄霄更是因为失去望舒调和而走火入魔。
另一边，望舒剑主夙玉同样也因为失去羲和剑调和而寒毒入体，最终在生下一子后死去。NTR了自己兄弟的云天青也因为被寒气入侵而早早地殒命，只留下一子——云天河，也就是仙剑四的第一男主角。
云天河自幼生活在青鸾峰上，几乎不与人接触，成了一个野人，同时也获得了“野猪的一生之敌”称号。
仙剑四正篇的剧情也是从一头野猪开始的。
盗墓贼韩菱纱为了解决自己一族短寿的问题，循着仙人的传说掘开了云天青与夙玉的墓穴。云天河追着野猪进入墓穴，误把她当成野猪精，险些用望舒剑射杀。韩菱纱虽然没有被射中，却因为接触到望舒剑而激活了这柄沉睡已久的神剑。
她与前任剑主夙玉命格相同，激活望舒剑后自动就成为了它的宿主。这便是一切悲剧的开始。
杜子辕一直很好奇，如果给韩菱纱一个重来的机会，她还会愿意上青鸾峰与那个野人邂逅吗？
这个答案他注定是不会知道了，或许可以交给读者们去思考。他只负责画。
望舒剑被激活，云天河不知轻重无意间毁了自己父母的墓穴。因为害怕老爹变成鬼来教训自己，他顺势被韩菱纱忽悠下了山。
两人一路寻仙，途中结识了柳梦璃、慕容紫英等人，最终机缘巧合之下竟然找到了云天河父母当年的门派。
云、韩、柳三人拜入琼华，随着一系列的经历，他们终于认识到了这个门派的真相。最终，柳梦璃回归幻瞑界，继承母亲的王位，与三位伙伴相隔两界。韩菱纱因为被望舒剑吸摄过多灵力而寿元大损，她本来就不长命，这一吸更是雪上加霜，唯一能够慰藉的大约就只有她人生的最后一段路是云天河在身边陪她走完的。
两位男主角，慕容紫英一心求仙，最终渡劫成功踏入散仙之境，而对于韩菱纱的那一份情愫也早已被深埋，只剩一道九龙缚丝剑穗常伴身边。云天河则因为催动后羿射日弓过度而遭反噬，双目失明，同时因为烛龙之息获得悠久寿元，最终在韩菱纱去世多年后等到了柳梦璃的归来。
一般来说，两男两女的主角配制的话，都是平均分成两对，就像是仙剑三一样。但是仙剑四却很奇葩，云天河1V2，慕容紫英从始至终都没有感情戏，只有一个关于九龙缚丝剑穗的暗示。
而仙剑四处理得最好的大概就是云天河明明喜欢着两个女主角，最终也和两人在一起了，却并没有劈腿。韩菱纱本来就短命，望舒剑吸不吸差别也不大，她跟云天河相伴至死，在历代仙剑女主角里面算是不错的了（看看人家赵灵儿）。而柳梦璃守得云开见月明，最后和云天河重逢那一幕也正是让杜子辕最感动的地方。